Non capisco bene cosa vuoi, dunque posto informazioni varie:

Seamonkey come Firefox esegue applicazioni esterne se contenute nella sua cartella plugin c'è la libreria o link alla libreria del plugin.
documentazione:
http://support.mozilla.org/it/kb/Risoluzione%20dei%20problemi%20relativi%20ai%20plugin
esempio su flash
http://support.mozilla.org/it/kb/Installare%20il%20plugin%20Flash
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Per un corretto caricamento del plugin, si consiglia OGNI VOLTA che viene installata/rinnovata una applicazione che fornisce plugin di tener chiuso Seamonkey e Firefox. (dunque per risolvere un incrocchiamento bisogna cancellare pluginreg.dat spiegato nella documentazione sopra)

Per averli correttamente in KDE si consiglia il pacchetto kdebase4-nsplugin, che trasferisce direttamente i link KDE di dove sono i plugin al Seamonkey e Firefox.
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Volendo scegliere i plugin si può caricare un wrapper come nspluginwrapper
Documentazione (amd non centra vai alla voce plugin):
http://plugindoc.mozdev.org/linux-amd64.html
http://forum.ubuntu-it.org/viewtopic.php?t=28018
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Per disabilitarli/abilitarli basta in Seamonkey andare in menu->tools->Adds-on manager.

La scelta del plugin è unica, dunque non mettere più plugin assieme che fanno la stessa cosa, comunque la scelta è condizionata in menu->preferenze->tab "avanzate"->script & plugin.

Mentre in menu->preferenze->tab "browser"->helper application. c'è la scelta di cosa chiamare se si incontra un file da eseguire e si può scieglire varie opzioni e anche il percorso dell'eseguibile da associare.