Ecco la procedura definitiva per avere la libreria musicale raccolta a dovere!
Bastano 2 programmi:

Easytag (per organizzare i tag automaticamente)
Amarok (per ricontrollare i tag e organizzare automaticamente nomi dei file, directory e posizioni)

1)
Apriamo Easy tag. Diamo un'occhiata alle preferenze (di default il trattino "_" viene sostituito con lo spazio, qualcuno potrebbe preferire avvenisse il contrario).
Sull'albero delle directory selezioniamo la cartella contenente gli mp3 da taggare.
Al centro apparirà la lista degli mp3 contenuti in quella cartella e nelle rispettive sottocartelle. Selezioniamoli tutti (c'è il pulsante apposta).
Andiamo su Analizzatore -> Processa campi e clicchiamo sul bottone "apri la finestra dell'analizzatore / Scansiona i file selezionati" (è il pulsante verde) e chiudiamo la finestrella.
Nello spazio centrale dove sono elencati i file, i file che verranno modificati sono evidenziati in rosso. Cliccando su un singolo file, a destra possiamo vedere il risultato finale.
Clicchiamo sul pulsante "Salva file" (prima assicuriamoci di riaver selezionato tutti i file, se ne abbiamo controllati alcuni singolarmente!).
Ci verrà chiesto se vogliamo salvare le etichette e se vogliamo rinominare i file.
Rispondiamo di sì alla prima domanda, di no alla seconda (per questo motivo, nelle opzioni lasciate spuntata la richiesta di conferma).
Faremo in modo che sia Amarok a rinominare i file e a archiviarli (funziona meglio!).
Fatto, le etichette sono apposto.

2)
Apriamo Amarok.
Mettiamo in playlist i brani su cui lavorare (ATTENZIONE: se li caricate dalla collezione, ricordatevi di rifare la scansione altrimenti potrebbe non vedere i tag modificati!).
Ora non resta che controllare il lavoro svolto e applicare piccole modifiche manuali.
Io, personalmente, mi riferisco sempre a Wikipedia, per controllare il titolo dell'album, l'anno di pubblicazione, il titolo (errori di accenti, diciture come "live" e "remix" aggiunte e così via) e il numero della traccia (che NON viene visualizzato di default, dovete impostarne voi la visualizzazione).
Verifichiamo anche che non ci siano file "fake" o file corrotti (molti si riconoscono perché hanno i tag vuoti e non viene visualizzata la durata della canzone. Inoltre Amarok avvisa in basso a sinistra con un popup a comporsa che "alcuni media non sono riproducibili")

3)
Rinominiamo i file e occupiamoci della loro disposizione nelle cartelle.
Innanzitutto vanno selezionati:
- se i file sono nella collezione, click destro sul nome dell'artista nell'elenco e poi Gestisci file -> Organizza X file;
- se i file sono in playlist, Playlist -> Seleziona tutti, poi click destra sulla playlist Gestisci file -> Organizza X file.
Selezioniamo la cartella dove verrà organizzata la raccolta, clicchiamo su "Dettagli", selezioniamo "Formato personalizzato" e modifichiamo la stringa con la quale verrà organizzata la raccolta. Io uso questa:
%folder/%albumartist/%year - %album{ (Disc %discnumber)}/{%track - }%title.%filetype
Ovvero:
- viene creata una cartella per ogni autore;
- all'interno di queste, viene creata una cartella per ogni album di quell'autore nel formato "anno - titolo";
- all'interno di queste vengono spostati gli mp3 e vengono rinominati nel formato "traccia- titolo".
L'opzione "nomi sicuri VFAT" modifica i caratteri che potrebbero fare problemi... fate un po' voi!
Clicchiamo su ok e il gioco e fatto

4) (opzionale)
Potrebbe interessarci avere le copertine degli album. Amarok le scarica da solo, ma possiamo fare in modo che vengano automaticamente riconosciute anche per altri player.
Cerchiamole sul web (direi che devono avere almeno una dimensione di 150x150), google immagini è perfetto per questo.
Salviamo ogni copertina all'interno della cartella del suo album col nome "folder.jpg" (meglio non usare altri formati)

Il gioco è fatto

Fatto, sperando capisca l'inglese (e sperando che io lo sappia parlare )